Дипломатические отношения между СССР и Индонезией установлены 3 февраля 1950 года. Правительство Индонезии признало Российскую Федерацию в качестве правопродолжателя СССР 28 декабря 1991 года.
Советский Союз оказывал политическую поддержку борьбе индонезийского народа за независимость, в числе первых признал Индонезию в качестве независимого государства и способствовал становлению ее государственности.
С момента получения независимости Индонезия традиционно выступает одним из ведущих партнеров России в Азиатско-Тихоокеанском регионе.Между Москвой и Джакартой поддерживается доверительный политический диалог. https://www.mid.ru/ru/maps/id/1767219/
21 апреля 2003 года в ходе визита в Россию президента Индонезии Мегавати Сукарнопутри была подписана Декларация об основах дружественных и партнерских отношений между Российской Федерацией и Республикой Индонезией в XXI веке.
В сентябре 2007 года президент России Владимир Путин посетил Индонезию с официальным визитомp
В мае 2016 года Россию с официальным визитом посетил президент Индонезии Джоко Видодо. Переговоры прошли в Сочи, главы государств обсудили состояние и перспективы двустороннего торгово-экономического сотрудничества, ситуацию в Азиатско-Тихоокеанском регионе.
Осуществляются контакты на высоком правительственном уровне.
В 2024 году Россия и Индонезия увеличили товарооборот сельскохозяйственной продукции почти до 1,5 миллиарда долларов, что на 41,4% больше, чем в 2023 году. Сюда входит около 1,4 миллиона тонн сельскохозяйственной продукции.
Основными позициями в стоимостной структуре индонезийского импорта из России стали пшеница (92,3%), семена кориандра (2,6%) и замороженная рыба (2,2%). Рост импорта из России на 20,3% был в целом обусловлен более высокими закупками пшеницы (+37%).
Среди перспективных областей сотрудничества – сфера цифровых технологий. (информационная безопасность, искусственный интеллект и технологии умного города), космическая отрасль, в том числе технологии дистанционного зондирования Земли, спутниковая навигация, пилотируемая космонавтика и подготовка кадров.
Осуществляется сотрудничество по линии военных ведомств двух стран.